Основната оперативна процедура на CNC фреза обикновено включва включване, връщане към референтната точка, въвеждане на програма, затягане на детайла, настройка на инструмента, обработка и изключване. По време на работа трябва да се спазват процедурите за безопасност, като например носене на подходящо защитно оборудване и правилно използване на бутона за аварийно спиране. Контролният панел на CNC системата обикновено се състои от CRT монитор, MDI панел и контролен панел на машинен инструмент. Програмирането е основно умение за работа с CNC фреза, което включва както ръчно, така и автоматично програмиране.
Изборът на параметри на рязане трябва да следва определени принципи: грубата обработка има за цел високи нива на отстраняване на метала, докато крайната обработка цели високо качество на повърхността. Ключови параметри като скорост на рязане Vc и скорост на подаване на масата F могат да бъдат изчислени с помощта на формули.
